Nach einem sehr grossen Ausbruch des Urkrakatau im Jahre 416 n. Chr. bildete sich die Caldera. Der grösste Teil der Caldera war vom Meer überflutet und es überragten nur drei Ringinseln (Alt-Rakata, Rakata Kecil und Rakata Sertung) vom Calderarand den Meeresspiegel. Es bildete sich ein neuer Vulkan in der Caldera mit dem Namen Rakata-Vulkan und einer Höhe von 813 Metern über Meer. Der Vulkan hatte vor dem grossen Ausbruch eine Ruhephase von 200 Jahren, bis er bei einer gewaltigen Explosion eine neue Caldera in der alten Caldera bildete und den Berg wegsprengte. Ein daraus entstandener Tsunami forderte sehr viele Menschenleben.
Der Vulkan wurde 1927 nach 44 Jahren Ruhe wieder aktiv und es bildete sich ein neuer Vulkankegel, der Anak Krakatau (Kind des Krakatau). Es gab mehrere Ausbrüche bis heute.
